Klosteris dibināts apakša Maura Dias in 1280 par mūķenes klarissok. Klosteris nebija ilgi, jo 1311 tas beidza pastāvēt. In 1316 sieva King Dinis I, Queen Isabella no Portugāles, atjaunotās klosteris.

Queen Isabella Portugāles sauc arī par "Holy Queen", jo viņas izņēmuma dievbijību un taisnības. The Queen slavena arī ar savu labu raksturu balstās slimnīcām, bērnu namiem un skolām. Pēc viņas vīra nāves, King Dinis, viņa pensijā uz klosteri. Un 1336 karaliene nomira un tika apglabāts klosterī kapa, kas iekārtota gotikas stilā. In 1626, Queen Isabella tika kanonizēja par viņa labdarības un labiem darbiem.

Pirmais arhitekts klosteris bija Domingos Domingues, pazīstams ar savu darbu galerijās klosterī Alcobaça. Viņš turpināja darbu šajā arhitekta Estevao DOMINGUES, kurš bija slavens ar savu darbu galerijas katedrāles Lisabonā. 1330. iesvētīšanu templi, un vēlāk uz dienvidu daļu baznīca tika uzbūvēta klosteri. Klosteris ir ļoti bieži uzrāda naudas ziedojumus un dāvanas. Sākumā XVI gadsimtā, baznīca tika rotātas ar Seviļas flīzēm un uzstāda jaunu altāri.

Tā klosteris un baznīca tika būvēti kreisajā krastā upes Mondego, tad gadu vēlāk ēka tika applūst pār bankām, upes ūdeņiem. Un gadsimtiem ilgi klosteris applūst vairākas reizes. Sakarā ar biežiem plūdiem klosteris nebija iespējams būt, un King John IV lika pamest ēku un pārcelties uz jaunu klosteris - klosteris Santa Clara-a-Nova, uzcelta uz kalna netālu no vecās ēkas. Kaps ar paliekām Queen Isabella un citiem karaliskās personas, tika pārcelti uz jauno ēku.

Laika gaitā vecais klosteris drupas. 1910. gadā ēka tika uzskaitīti kā piemineklis valsts nozīmes, un daži rekonstrukcijas darbi tika veikti pirmajā pusē divdesmitajā gadsimtā.