Kad Spānijas koloniālās karaspēks sāka uzvara Peru, Cuzco bija viens no bastioniem varas inku impērijas. Tās iedzīvotāji ir nikni aizstāvēja, dubultā pilsētu nodota no rokas rokā pirms inku atkāpās 1536. Katoļu baznīca reaģēja ļoti nopietni būvniecību katedrāles šādā svarīgā koloniālās pilsētas reģionā. Cathedral of Santo Domingo, to sauc par katedrāli pieņēmums par Vissvētākās Jaunavas Marijas, tika uzbūvēta ar rūpību un uzmanību detaļām, kā arī akceptēt būvniecības vairāk nekā gadsimtu. Šodien katedrāle ir viens no svarīgākajiem un populārākajiem tūrisma galamērķiem Kusko, un tāpēc tai ir liela nozīme pilsētas vēsturi, un tāpēc tās skaisto arhitektūru.

Ierašanās Spānijas konkistadoriem in Cuzco laikā, svarīgākie un ievērojamākie tempļi pilsētā bija Coricancha - templis veltīts saules dievs Inti. Daudzi vēsturnieki uzskata, ka tas bija visvairāk svēta templis inku impērijas. Spāņi nolēma uz vietas templi inku būvēt savu katedrāli, un lieto vienlaikus lielāko daļu celtniecības materiālu, iet caur svētnīcu Coricancha. Šodien, apmeklētāji joprojām var redzēt nelielu daudzumu sabrukušām sienām templis inku netālu aizmugurē katedrāles.

Nelielais baznīca, kas pazīstama kā Triumph baznīca, celta 1536, neilgi pēc tam, kad pilsēta bija iekaroja. Bet, tiklīdz Spānijas iestādes šajās jomās izveidota, pilsēta sāka veidot daudz grandiozu un iespaidīgu katedrāli. Plāni ir izstrādājusi Spānijas arhitekta Juan Miguel de Veramendi. Katedrāle tika celta gotikas un renesanses stilā, kas bija tipisks spāņu reliģiskās arhitektūras brīdī. Lai gan ir daži klātbūtnē inku ietekmi reliģisko simbolismu ēkas pazīmes, tostarp galvas Jaguar galvenajā durvīm katedrāles. Būvniecība katedrāle sākās 1559. Lielākā daļa iedzīvotāju inku tika izmantota smago darbu būvniecības tempļa laikā.

Gadsimtiem ilgi, katedrāle kļuva mājvieta vairākām svarīgām reliģisko artifacts, tostarp slavenā statuja Melnās Kristus, kas ir aptumšotā ar svecēm vairākus gadsimtus. Tiek uzskatīts, ka šī statuja ir palīdzējis draudze izdzīvot un pēc postošās zemestrīces 1650. Pa labi ir liels tornis katedrāles zvanu Maria Angola Bell, 2 metrus garš, sver aptuveni 6 tonnas. Viņa zvana var dzirdēt attālumā divdesmit jūdzes. Katedrāle tur iespaidīgu vākšanu art aptver vairākus gadsimtus, tostarp gleznas gadā 1650, kas ir vecākā pilsētas.