In 1647 pilsētas Eisenstadt bija varā karalisks nama Esterhazy, kam bija liela ietekme uz pilsētu un noveda pie pozitīvām pārmaiņām. In 1648, ar dekrētu imperatora Ferdinanda III Eisenstadt kļuva brīva pilsēta, apliek ar nodokli maksā par summu 16000 guldeņiem un 3000 mucas vīna. In 1670 Pāvila I atļauts apmesties Eisenstadt un seši tuvējo apdzīvoto 3000 ebrejiem, kuri tika izraidīti no Vīnes. Rabīns no pilsētas bija Vertaymer Samson, kurš pats tika apglabāts veco ebreju kapsētā.

Bija nepieciešams kapsētā. Tātad bija vecā ebreju kapsēta 17.gadsimtā pie ebreju kvartālā. Vecā kapsēta darbojās no 1679 līdz 1875 gadiem, un nodarbina aptuveni 1,140 kapakmeņi tikai ar ebreju uzrakstiem. Sakarā ar ierobežoto telpu, blakus vecajai kapsētā tika izveidota jauna. Jauna kapsēta ir lietots kopš 1875.

Nacistu okupācijas laikā, gan kapsētas tika daļēji iznīcināta, un kapakmeņi tika izmantoti būvniecībā barjeras ap pilsētu. Pēc 1945. gada kapsētu tika atjaunota, un pieminekļi tika ieviesti. 1992.gadā jauna kapsēta vandālisms notika: apmēram 80 kapu pieminekļi tika apgānītās nacistu simboliem.

Kapi Eisenstadt atšķiras no citām seno ebreju kapsētas trūkst veģetāciju. Tomēr tas ir ļoti līdzīgs pēc formas un izskata ar Vīnes kapsētā. Tas ir saistīts ar to, ka pirmie kolonisti bija Vīnes emigranti. Pirms ieejas uz veco kapsētu tika pa skaisto pusapaļas metāla vārti, bet tagad tie nav saglabājušies. Abas kapsētas ir atvērta sabiedrībai.