Heraklion tika uzbūvēta ar arābiem IX gadsimtā. Tad viņš aicināja Handakas. In Viduslaikos venēcieši ieskāva pilsētas sienas garumā 5 km. Uz mazā laukuma centrā ir skaista marmora strūklaka, nosaukts pēc Venēcijas kopumā Morosini. Arī pārdzīvojuši vairākas Venēcijas mājas.

Pilsētas lepnums ir bagāts arheoloģijas muzejs. Šeit ir visi svarīgākie artefakti no Mīnoja kultūras: keramika, akmens griešanai, cirsts apdruka, skulptūra, zelta rotaslietas, metāla izstrādājumi, skaistas freskas no pilīm un muižām par bagāto un unikālo akmens sarkofāgu Agia triāde.

Vēstures muzejs pilsētas iepazīstina eksponāti Bizantijas, Venēcijas un turku periodiem un vēsturiskiem dokumentiem mūsdienu vēstures Krētas. Šeit ir arī vietējie tautastērpi, auduma izstrādājumi, koka griešanai, izšuvumi un citi elementi dekoratīvās mākslas.