Church of San Sebastian atrodas kalna galā, netālu no zivju tirgus, ziemeļu daļā vecpilsētu Lagos. No šīs vietas paveras lielisks panorāmas skats uz līci. Baznīca tiek uzskatīta par vienu no vecākajām un skaistākajām baznīcām pilsētā.

Pat pirms baznīca tika uzcelta uz šo vietas 1325 bija kapela Bezvainīgās ieņemšanas Vissvētākās Jaunavas Marijas. In 1463, bīskaps João de Mello ir darīts, ka šajā vietā baznīca tika uzcelta. In 1490, rīkojumu karaļa Portugāles, Dons João II, mēs atkal tika veikti rekonstrukcijas darbus, un baznīca tika paplašināta. Pēc tam, baznīca tika iesvētīta kā Church of San Sebastian (baznīca Sv Sebastian). Diemžēl, kā ir noticis ar daudzām vēsturiskām ēkām Portugālē, baznīca tika praktiski Lisabonas zemestrīci 1755. gadā iznīcināja. Baznīca tika atjaunota, un divus gadsimtus vēlāk, baznīca atkal tika sagrauta zemestrīces, kas notika 1969. gadā. Laika gaitā baznīca atkal tika atjaunota.

Baznīcā trīs jomos atdalīti ar Doric kolonnas. Sākotnējā Galvenais altāris no baznīcas datēta ar XVI gs. Altāris sastāv no četriem paneļiem. Ir sagaidāms, ka šie paneļi izveidots viens no slavenākajiem māksliniekiem Algarvē XVI gadsimtā Alvaro Dias. Baznīca tur veco plānu pilsētas. 1828. gadā, baznīca ir tornis ar zvanu.

1924. gadā, baznīca San Sebastian ir uzskaitīti kā piemineklis valsts nozīmes.