Japānas vēsturē bija laiks, kad valdnieki atbalstīja izplatīšanos kristietības, un periodi, kad atvests no aizjūras doktrīnas pierādīt kauns, un viņa sekotāji tika vajāti. XV un XVI gadsimtu, kristietība strauji izplatījās arhipelāga salām, bet beigās XVI gadsimtā tika aizliegta, un cilvēki no Japānas praktizēja to slepeni. Iedzīvotāji Nagasaki bija spiesti katru gadu, lai pierādītu, ka viņi nav kristieši. Lai to izdarītu viņi piedāvāja neievērot tēlu Jēzus Kristus un Dievmātes, un šo rituālu, viņi bija jānokārto līdz vidum XIX gs. Kopumā, kristietība tika aizliegta Japānā pat par divarpus gadsimtus, šajā laikā tika izpildīts, spīdzināti vai deportēti tūkstošiem cilvēku ticīgu reliģiju.

Nagasaki 5. februāris 1597 tika publiski izpildīts par misionāru darbu 26 cilvēkiem, no kuriem 20 bija japāņu, četri spāņi, kā arī Meksikas un Indijas. Ar rīkojumu, tad valdošo Shogun Toyotomi Hideyoshi arestēts kristieši tika spīdzināti, tad ieliek Nagasaki un tika sists krustā uzcelts uz kalna Nisidzaka. Pēc izpilde upuriem kļuva par mocekļiem kā svētie lasīt un atpazīt viņiem dažādas rotaļas. Simts gadus pēc kanonizācijas 1962.gadā uz kalna atklāja pieminekli un muzeju. 6. februārī katoļu baznīca Japānā svin savu atmiņu.

Muzejs ietver svarīgus vēsturiskus dokumentus celta no Eiropas un sastāv Japānā, mākslas darbus periodā agrīnās kristietības Japānā. Izstāžu hronoloģiski iepazīstināt apmeklētājus ar periodu kristietības sākumā, brīžiem kristiešu vajāšanu un dzīves slepeno katoļu periodā no sevis izolācijas stāvokli.

Pašlaik kristietība ir trešais no galvenajām reliģijām Japānā pēc budisma un Sintoisms. Sākumā XXI gadsimtā, bija aptuveni 2, 5 miljoni kristiešu, galvenokārt katoļiem.