Pirmā augstskola Pécs parādījās 1367 kā viena no vecākajām Centrāleiropā karaļa Louis Lielo, viņa devās ar turku okupācijas laikā. 1921. bijušais Ungārijas universitātē Bratislavā (tas Bratislava, ungāru. Pozsony) pārcēlās uz Pēču, Janus Pannonius ir rezultatom1982 universitāte (Janus Pannonius Tudományegyetem, JPTE).

  Pirmais universitāte tika izveidota Pécs Louis I Ungārijā 1367. Ņemot pastāvēja kā vienota izglītības centra vairākus gadu desmitus, vidū 15. gadsimtā tā tika sadalīta divās skolās - likumu un teoloģiju. Turku okupācijas universitātes laikā tika slēgta un atvērta tikai 1785. gadā, kad Joseph II pamatoja Royal Academy of Gyor, Pēča. In 1802, Royal Academy nāca Gyor uz pasūtījumiem Francis I, un iestādes augstākās izglītības Pec nebija, līdz 1833, kad bīskaps Pécs aizbildnībā pilsētas Senāta dibināta Pec akadēmijā ar fakultāšu tiesību un filozofiju.

  Modern University of Pécs tika dibināta 1912. gadā un sākotnēji atrodas Pozsony (tagad Bratislava). Pēc Pirmā pasaules kara Pozsony bija aneksirovan no Ungārijas, un 1921.gadā pārcēlās uz University of Pecs, kur tas paliek līdz pat šai dienai. In 1951, Medicīnas fakultāte universitātē ir atdalīta, un līdz 2000. gadam bija atsevišķa institūcija. In 1982, University tika nosaukts pēc Janus Pannonius. Šī universitāte Pécs tika izveidota 2000. gada 1. janvārī, apvienojot Janus Pannonius Universitātes Universitātes Medicīnas un skolotāju koledža.