Zoo un Dabas muzeja Splitā tika ziedoti pilsētai, jo sākumā XX gadsimtā, vairākas vērtīgas dabas kolekcijas. Profesors Umberto Dzhirometta 1923.gadā izvirzīja jautājumu par radīšanas Dabas vēstures muzeja. Pilsētas dome Splitas ņēma lietu pārskatīšanu un 1924. gadā nodibināja pirmo muzeju un Dzhirometta kļuva par tās vadītāju līdz pat savai nāvei 1939. gadā.

Pirmajos pastāvēšanas gados, muzejs atradās vienā no pašvaldības ēku pilsētas centrā. Drīz telpa nebija pietiekami, un muzejs tika pārvietots uz vienu no ēkām parka Marjan. Kopā ar muzeja atvēra nelielu zoodārzu, kas pārstāv kādu no vietējo un eksotisko dzīvnieku sugas. Par pirmo bijušās Dienvidslāvijas Aquarium blakus ēkai muzeja tika uzbūvēta papildus telpu. Dažus gadus vēlāk, Oceanarium bija slēgta un pārvērš mazā būrī. Šodien Split Zoo ir vairāk nekā 300 sugu dzīvniekiem.

Ar parkā Marjan par militāro darbību 1991. gadā ēka tika slēgts drošības apsvērumu dēļ. Tad, muzejs pārcēlās uz cietokšņa gausties, un pēc 1997. gada viņš atgriezās Marian. Pēc 2000. gada, lūguma darbinieku vajadzībām muzejā ir piešķirts jaunu telpu, ar kopējo platību aptuveni 1156 kvadrātmetri, kurā muzejs sāka darbu 2002. gada janvārī.

Pirms atvēršana jaunā muzeja direktore tika reorganizēta muzeja kolekcijas un apskatīti vairāki jauni riska darījumiem (piemēram, savākšana pildījumu dzīvniekiem un putniem, departamenta ģeoloģijas un paleontoloģija, Entomoloģijas katedras mugurkaulnieku un bezmugurkaulnieku uc). Tika veikti arī darbu apstrādi un sistematizēšanu eksponātu, stažēties centrālajā daļā Dalmatia, daudzas izstādes muzejā un ārpus tā. Turklāt, muzeja darbinieki, kas iesaistīti daudzās zinātniskajās konferencēs.

Stāvā Muzeja rīko dažādas izstādes, kā arī par citiem stāvos māja pastāvīgā ekspozīcija. Ikviens var iegādāties muzeja papildu materiālus par vēsturi, muzeja un vietējo dabas vēsturi.