Baznīca Marijas Magdalēnas atrodas Södermalm rajonā. Baznīcas datēta ar 1350-th gadu, kad karalis Magnus Eriksson ar apstiprinājumu Pope Clement VI uzcelta kapela un veltīta to Marijas Magdalēnas vēsture. Ārējais izskats ēkas šiem gadiem slikti dokumentēta, un tikai saglabājies vara gravēšana attēlots kapela kā nelielā ēkā ar lielu torni, papildināta ar asu smaili.

Gada sākumā 1520s atbrīvots Gustav Vasa Stokholmā, un viņa karaspēks vada Peder Fredagom apmetās kapelā, bet tie cieta smagus zaudējumus, kad Dānijas armija kristīgās II uzbruka tos no pilsētas. Šis pasākums varētu būt bijis viens no galvenajiem iemesliem, kāpēc Gustav Vasa iznīcināt visas baznīcas, klosteri un kapelas, kas ieskauj pilsētu, pēc protestantisms ieviešanas in 1527, tostarp kapelas Marijas Magdalēnas. Tomēr viņa dēls, King John III, sāka būvēt jaunu baznīcu uz vietas kapela 1588.gadā. Tomēr viņa nāves 1592. gadā pārtrauca notiekošo būvdarbus, un baznīca palika nepabeigts līdz 1634.

Arhitekti Nikodēms Tessin Vecākais un Tessin Jr. pārņēma turpināt būvniecību un uzcēla baroka baznīcu. The Spire, kas tika uzskatīts par skaistāko Stokholmā, tika iznīcināta ugunsgrēka 1759, kas arī iznīcināja 300 citas ēkas jomā laikā. Carl Johan Cronstedt tika uzdots atjaunot baznīcu, un viņa projekts tika pabeigts 1763. Tā ir saglabājusi daudz oriģinālu dizainu. Restaurācija interjera baznīcas Marijas Magdalēnas notika 1927. gadā, tajā pašā gadā tika nodibināta pirmā ķermeni, otrs tika pievienots 1986. gadā.