Par Svētās Sofijas baznīca tika uzcelta vidū VII gadsimta drupas trīs reizes garuma tās agrīnā kristiešu bazilika, un Bizantijas periodā tika ieskauj daudzas ēkas kā kultu un administratīviem mērķiem. Kopš 1585. baznīca kļuva par mošeju, bet tika no jauna iesvētīta kā baznīcā 1912. gadā.

Vēstures un arheoloģijas dati liecina, ka nave un dienvidu daļā, kolonādes St Sophia templis tika aprakti metropolitans no Salonikiem, piemēram, Grigoros Kutalis un Konstantīns Mesopotamitis.

Baznīca interjeru rotā daudziem mozaīkas un freskas IX-X gadsimtā. Fresco "debesbraukšanas" adorns dome no baznīcas.