Sena leģenda vēsta, ka 1364 lietuviešu augstmanis nosaukts Goshtautas aicināti 14 franciskāņu friars un deva tos mājās, lai viņi varētu apmesties valstī. Kad Goshtautasa kreisi, visi mūki tika nogalināti. Kādu laiku vēlāk, augstmanis Uzaicināt franciskāņu mūki. Jaunas mūki viņš apmetās kādā citā vietā, un vieta nogalināto mūku, viņš uzcēla baznīcu, kas nosaukts par godu Svētā Krusta.

In 1524 baznīca nodega. In 1635 šajā vietā apmetās priesterus Bonifratrzy. Viņi sāka savu darbu ar, uzcēla jaunu baznīcu Svētā Krusta, kas dibināta pie klostera ar tādu pašu nosaukumu, un atklāta klostera slimnīcā. Vēlāk slimnīca pārvērtās patversme garīgi slims. Goshtautasa katoļu baznīca tika piešķirtas ar klostera telpās. Psihiatriskajā slimnīcā darbojās šeit līdz 1903, kad tas tika pārvietots uz jauno ēku izbūvēta speciāli psihiatriskajā slimnīcā.

1737. gadā baznīca tika nodedzinātas vēlreiz. 1748. baznīca tika atjaunota, interjers ir pilnībā remontētas, seši altāri tika būvētas un uzstādītas Kost'ol'na departaments tika celta baroka stilā. Just iekārtota baroka fasādi un ēkas klosteris. Lai arī pēc atjaunošanas ārpuses ēkas un tur bija elementi rokoko. Inside templis stāv majestātiski pār Plašie akmens krustveida arkas. Interesanta kombinācija arhitektūras elementiem baroka, rokoko un neo-rokoko.

Pie templis ir avots, kas tiek uzskatīts brīnumains. Leģendas teikt, ka avots parādījās pēkšņi netālu statuja Bezvainīgās ieņemšanas. Šī ir vieta, kur mūki tika spīdzināti nonāvēts Franciscans. Viņi saka, ka ir īpaši izdevīgs ūdens no šī avota uz pacientiem, kas cieš no acu slimībām.

Šajā baznīcā ir arī brīnumains krusts, kas uzstādīts virs galvenā altāra. Zem krusta ir attēls Vissvētākās Jaunavas Marijas ar bērnu. Jādomā, aina krāsotas 17.gs., bet pārliecināts, ka izcelsme glezna nav zināms. Tas ir arī ierindota starp brīnumains darbi. Kopija brīnumaino glezna Vissvētākās Jaunavas Marijas ar bērnu, kā freskas var uzskatīt par galveno fasādi baznīcas. Tas ir saskaņā ar izliektiem zelmini, kas celta 1737. gadā starp diviem sānu torņiem baznīcas.

Starp 1914 un 1924 baznīcā rīkoja īpašu servisu studentiem Lietuvas skolām. Laikā, kad Viļņa okupēja Poliju, netika veikti tempļa dienesta Lietuvas yazyke.V Bonifratr 1843 rīkojumu tika atcelts, un vietā klosteris palika tikai viņu pārstāvība. 1909 baznīca atkal tika remontētas. Beigās Pirmā pasaules kara, 1924. gadā, bīskaps Jurgis Matulaitis Bonifratr aicināti atgriezties klosterī Svētā Krusta. Atgriešanās no mūku klosterī bija ļoti savlaicīga. Viņi remontēt baznīcu, uzstādīšana sešas altāri tur. Viņi arī iestudētas pie klostera patversme vecāka gadagājuma cilvēkiem un zupas virtuvi trūcīgajiem "Caritas".

Sākumā Otrā pasaules kara, brāļi no Vilna tika atsaukti Bonifratrzy pasūtījumu. In 1947, klosteris patvērumu māsām draudzes "Bezvainīgās ieņemšanas Vissvētākās Jaunavas Marijas Debesīs." Tomēr tie dominē īslaicīgs. Padomju varas iestādes slēdza 1949.gadā un klosteris un baznīca. No klostera ēkas atradās dzīvokļu.

In 1976, templis tika atjaunota un izvietotas tajā Viļņas Filharmonijas koncertzāle, tā saukto "Mazajā zālē baroka." Bija koncerti ērģeļmūzikas.

Viļņa arhibīskapija dabūja atpakaļ uz savām mājām tikai pēc režīma maiņas 1990. gadā. Templi un klostera ēkas tika atjaunota un nodota jauna veltījuši mūķeņu draudzes māsas "Bezvainīgās ieņemšanas Vissvētākās Jaunavas Marijas Debesīs."