University of Zagrebas ir vecākā ne tikai Horvātijā, bet arī Dienvidaustrumeiropā. No tā oficiālo dibināšanas datumu tiek uzskatīts, Sep 23, 1669, kad Romas imperators un Ungārijas, Horvātijas karalis Leopolds I izdeva likumu, atzīstot privilēģijas un statusu Universitātes izglītības iestāžu bijušās jezuītu akadēmiju, kas darbojas teritorijā brīvās karaliskās pilsētas Zagrebas, bijušo galvaspilsētu Horvātijas un Slavonia Karalistē. Šis datums ir sākums vēstures Universitātes Zagrebas viņu cīņā, lai īstenotu tiesību saņemto un saņemt cienīgu vietu starp autoritatīvu un pārstāvis no universitātēm un akadēmijām Centrāleiropā.

Vēsture Universitātes Zagrebas tā mūsdienu formā sākas ar iniciatīvu dzhyakovskogo bīskapu un viegli uztveramā patrons Horvātijas Josip Juraj Strossmayer, kad viņš 1861. gadā ierosināja organizēt universitāti četras fakultātes: medicīnas, teoloģiskās, filozofisko un juridiskām. Priekšlikumu izskatīja vairākus gadus, un 1874. gadā Horvātijas Parlaments pieņēma iniciatīvu un izdeva dekrētu "Par universitātē." Tajā pašā gadā universitātes mainīja nosaukumu un kļuva pazīstams kā mūsdienu universitātes Zagrebā.

Kopš 1990. gada universitāte ir saņēmusi lielāku autonomiju, tajā pašā laikā sāka pievienošanos Boloņas procesam.