Ideja izveidošanas arheoloģiskā muzeja pilsētas Almerijas ir radies pirmajā pusē 19 gadsimtā. Ar 1837. gada vistuvāk pilsētu un tās apkārtni klosteriem izdevies izņemt 196 gleznas un seno monētu un kapakmeņi, rotaslietas un piederumi, skaitot no perioda arābu varas Spānijā. Bet vairāku nezināmu cēloņu atklāšana muzeja toreiz nenotika. Pēc tam, daudzi no šiem artefaktiem padarīja muzeja kolekcijas ārpus Almerijas un pat ārzemēs.

Proklamēšana Otrā Spānijas Republiku, bija fakts, ka 1933. gadā Almeria joprojām atvērts Arheoloģijas muzeju, kas ir izvietota ēkā pētniecības institūts. Sākotnējā muzeja kolekcijas arheoloģiskie izrakumi Almeria un tās apkārtnē laikā atrasti. In 1934, muzejs jau ir sākusi sadarbību ar citām muzeja krājuma valstī. 1979. gadā, sakarā ar paplašināšanos muzeja kolekcijas tika pārvietots uz ēku, kurā atrodas College of Saint Jaunavas Marijas del Mar.

1998. gadā pēc arhitektu Ignacio García Pedrosa un Angela Garcia de Paredes tika uzcelta jauna ēka muzeja, kas atbilst mūsdienu prasībām. Jaunās ēkas interjers, plaši un gaiši, pateicoties sīki izstrādātu sistēmu, dabiskā apgaismojuma, minimālisma dizainu, skaidru ģeometriskās līnijas un telpiskās jaudu. Kolekcija no Arheoloģijas muzeja Almerijas ir eksponāti no paleolītisks periodā līdz mauru kundzību Ibērijas pussalā.