Arheoloģijas muzejs Osijek tika dibināta 1877.gadā, un sauca muzeju brīvas karaliskās pilsētas Osijek. Muzejs dibināts iniciatīvas un par ziedojumiem (numismātikas kolekciju, kolekcija seno ieroču un literatūrā) tirgotāja Franjo Sedlakovicha. In 1878, pirmā kuratore muzeja tika iecelts Andrejs Kodrik. Pirmajās desmitgadēs muzeja piepildīta tikai ar ziedojumiem no turīgo un ievērojamu pilsoņu pilsētas Osijek, kas ietvēra Franjo Sedlakovich Karlu nuber, Josip Juraj Strossmayer, Emerick Hilda un Dr. Karl Kollich. Šī kolekcija ir bijusi un joprojām ir lielākais ziedojums vēsturē muzeja.

Viens no slavenākajiem kuratori bija Vjekoslav Célestin - kurators muzeja kopš 1893. Viņš strādāja muzejā gandrīz 43 gadus vecs, bija centīgs darbinieks un profesionāli. Tas apstiprina faktu, ka viņš ir pazīstams muzejus Horvātijā un ārzemēs. Viņš veica lielāko daļu darbu: uztrauc pabeigšanu un noformējumu muzeja krājuma, ko veic sistemātisku pārskatu dokumentācijas, sākot no arheoloģisko vietu un beidzot etnogrāfiskos materiālus. Celestine par viņa darbu tiek pamatoti uzskatīts par vienu no dibinātājiem muzeja. Līdz beigām valdījumā kuratora 1933 viņš nodibināja Arheoloģijas Biedrība Club "Mūra" (1937 tā tika pārdēvēta par biedrību draugu senlietu "Mūra"), kas bija nozīmīgs ieguldījums darbā muzeja.

Muzejs visā tās vēsturē bieži mainīja savu atrašanās vietu. Un kopš 1946, un līdz šai dienai tas ir Osijek Citadel - bijušais pilsētas dome.

Kara laikā, muzejs bija stipri bojāta, bet par laimi, viss krājums ir palicis gandrīz neskarts. Sliktākais bojājumu izraisījis lietus savākšanu un nepareizas uzglabāšanas. Pastāvīgā ekspozīcija tika nogādāts drošā vietā. Bet pastāvīgu lobīšanas laikā, darbs muzejā ir apturēta. 1994. gadā muzejs tika dota statuss valsts iestādes.